Primeros asentamientos
Las Islas de la Bahía fueron descubiertas por Cristóbal Colón en su cuarto y último viaje al continente americano el 30 de julio de 1502. Más precisamente, Colón descubrió la isla de Guanaja a la que llamó "Isla de los Pinos".8 Evidencia histórica revela que Cristóbal Colón y su tripulación desembarcaron en Guanaja en busca de agua y provisiones durante este, su último viaje a las "Indias". Mientras Colón y sus hombres se encontraba en Guanaja, llegó una canoa remada por veinte y cinco indios. A bordo de esta canoa iban un cacique con sus esposas e hijos, cubiertos con un toldo de hojas de palma.
El almirante llegó a la conclusión que estos "indios eran más civilizados que los de las Antillas descubiertas en sus expediciones anteriores, y lo juzgó así," por que los indios no mostraron "ningún asombro á la vista de los buques, por la clase de vestidos que usaban y por el tráfico que hacían de hachas de cobre, cascabeles, láminas de metal, armas, telas y utensilios superiores á los de sus vecinos." Asimismo, el almirante informó, que estos indios venían de un país muy rico.21 Después de este descubrimiento, el almirante Colón reclamó el territorio para España y siguió con rumbo hacia Punta Castilla en tierra firme.
Al momento de su descubrimiento, las Islas de la Bahía, se encontraban densamente pobladas de indios Payas. Pero en 1516, "Diego de Velásquez, Gobernador de Cuba, autorizó á varios castellanos para que formaran compañías destinadas al tráfico de esclavos indígenas. Esto, luego que la población indígena de las Antillas, había disminuido considerablemte debido a los trabajos forzados a los que eran sometidos. Los esclavos de las Islas de la Bahiía eran vendidos principalmente en México y Cuba. Esta práctica disminuyó considerablemente la población indígena de las Islas.
A pesar de ser los españoles, los primeros en llegar a las Islas de la Bahía fueron los británicos fueron los primeros europeos en asentarse en estas islas. En mayo de 1638, William Claibourne de Virginia recibió una patente de la Compañía 'Providence' autorizándolo a establecer una colonia en Roatán. La colonia se estableció en los alrededores del viejo Port Royal, en un área de 100 acres de terreno bastante llano que era bueno para la agricultura. Este asentamiento duró sólo 4 años.
A principios de 1642 "una partida de "Filibusteros" se apoderó de Roatán y Guanaja, y estableció allí, su base de operaciones. "Tales fueron las depredaciones cometidas por los invasores, que la suprema autoridad de Guatemala, de acuerdo con el Gobernador de La Habana y el Presidente de la Audiencia de Santo Domingo organizaron una expedición al mando de Francisco Villalba y Toledo, para expulsar de Roatán á los ingleses."
Sin embargo, los piratas defendieron con éxito Port Royal, Roatán obligando a los españoles regresar a tierra firme para conseguir refuerzos. En marzo de 1650, los españoles regresaron y ya con un mayor número de hombres, en un violento combate derrotaron y expulsaron de las islas a los piratas ingleses. Posteriormente, los españoles reunieron a los pocos indios que quedaban de la isla y los trasladaron al continente, entre los ríos Polochic y Motagua.
"Al final de los años 1600, la bucanería estuvo en su apogeo. Los líderes de la piratería, Morgan Morris, Jackson, Sharp, Coxen y otros, ocuparon las Islas varias veces.